Пыль - это изолятор, поэтому она нагревается. Тепло вызывает дополнительное сопротивление электрических и прочих компонентов (в том числе и в кулере), и они замедляются. Далее, (в зависимости от того, какой компонент находится в пыли, это может вызвать короткое замыкание), которое может помешать или закончить срок службы видеокарты.